Ueli Heiniger wurde am 31. Juli 1944 als ältestes von vier Kindern in Langnau i.E. geboren, wo er auch aufwuchs. Nach dem Gymnasium in Burgdorf bildete er sich an der Universität Bern zum Sekundarlehrer (naturwissenschaftliche Richtung) aus. Er unterrichte in Bremgarten BE, Belp und Arth-Goldau SZ.

1971 nahm er sein Studium an der Universität Freiburg/ Fribourg wieder auf, wo er 1976 in den Fächern Pädagogik, Philosophie und Psychopathologie zum Dr. phil. promovierte. Die in Cambridge/ GB geschriebene Dissertation hatte die englischen Lehrerzentren zum Inhalt und wurde im Klett-Balmer-Verlag als Buch Die Rolle des Lehrers - neu entdeckt herausgegeben.

Von 1974-bis 76 war er an der Universität Freiburg Lehrbeauftragter für Allgemeine Didaktik und Leiter der schulpraktischen Ausbildung der Sek.- und Gymnasiallehrer, zudem stellvertretender Leiter des Forschungszentrums FAL, wo er an mehreren Schulreformprojekten in der Deutschschweiz beteiligt war.

Als 20-Jähriger absolvierte er den Reporterkurs des Schweizer Fernsehens, zudem er erst 1976 wechselte. Zunächst als Mitarbeiter in der internen Aus- und Weiterbildung, dann als Realisator von Dokumentarfilmen für das Schulfernsehen. Ab 1980 war er Redaktor und Moderator der Sendung Medienkritik und von 1990 bis 2006 leitete und moderierte er die wöchentliche Diskussionssendung Club (inkl. Literaturclub und vis-à-vis). Hiefür erhielt er u.a. den Zürcher Fernsehpreis (1998) und den Preis der Schweiz. Bankgesellschaft (1996).

Seit Oktober 2006 ist er Leiter der Ringier-internen Weiterbildung DENKwerkstatt und freischaffender Moderator.

Ueli Heiniger ist mit der Künstlerin Sus Heiniger verheiratet und hat einen erwachsenen Sohn.